En la actualidad, el río Motagua es el cauce principal de la cuenca del mismo nombre, la cual tiene un área de 12,719 kilómetros cuadrados y ocupa el 8.5% del total de la República de Guatemala.
La longitud del curso del río se estima en unos 480 kilómetros aproximadamente. Esto significa que es el más largo de Guatemala. De hecho, se estima que el caudal del río Motagua alcanza los 6,500 millones de m3 anuales.
Durante su curso, atraviesa los departamentos de Quiché, Totonicapán, Sololá, Chimaltenango, Sacatepéquez, Guatemala, Jalapa, Chiquimula, Zacapa, Izabal, El Progreso, Jutiapa, Alta Verapaz y Baja Verapaz.
Cabe resaltar que su nacimiento se ubica en el altiplano del departamento de Quiché. Además, solo en esa área, tiene un descenso de casi 2 mil metros, en una distancia aproximada de 190 kilómetros en su curso.
Específicamente, se localiza en la vertiente del océano Atlántico, al sureste de Guatemala y noroccidente de Honduras. De hecho, recibe el aporte de agua de las montañas del altiplano, Sierra del Merendón, Sierra de las Minas y Chuacús.