A principios de los 1600s, según los relatos del historiador Fuentes y Guzmán en su Recordación Florida (relatos históricos) indica que la pequeña ermita comenzó a ser visitada por una gran cantidad de devotos quienes ya habían adoptado el cristianismo por medio de los misioneros que arribaron a esa región de Guatemala con los colonizadores.
Esta tradición de origen religioso se celebra en Esquipulas desde hace mas de 250 años.
Los habitantes de Esquipulas pidieron a la Real Audiencia de la Capitanía General del Reino de Guatemala que les dejara utilizar el tributo de 2 años, para recaudar los fondos para la construcción de la iglesia parroquial mayor. Después de mucho tiempo La Real Audiencia concedió el permiso el cual fue aprobado por Carlos II en 1673.
El Santo Cristo fue trasladado a la nueva iglesia parroquial donde permaneció hasta 1759. Después por deseos del Arzobispo de Guatemala Francisco José de Figueredo y Victoria se construyó otro templo al que se le llamo El Santuario de Esquipulas, que es donde actualmente se encuentra la imagen del Santo Crucifijo.
El Santuario de Esquipulas fue elevado a la Dignidad de Basílica por el Papa Juan XXIII en Enero de 1961, a petición del Arzobispo de Guatemala Monseñor Mariano Rossell y Arellano.
La celebración del Cristo Negro, Señor de Esquipulas, es una de las mas grandes de Centroamérica, convocando por lo menos 100 mil peregrinos, y por esto Esquipulas es conocida como la Capital Centroamericana de la Fe.
En el Día de celebración en honor al Cristo Negro de Esquipulas, se espera una gran afluencia de feligreses a la Iglesia de Esquipulitas en la Colonia Mariscal de la Zona 11.
